O portálu
Pathogen Portal CZ je centrální rozcestník pro data o výskytu infekčních onemocnění v České republice — klinická, environmentální i genomická surveillance na jednom místě. Slouží výzkumníkům, pracovníkům ochrany veřejného zdraví i veřejnosti.
Co na portálu najdete
- Dashboardy k jednotlivým patogenům — COVID-19, chřipka a ARI, infekční nemoci hlášené do ISIN, odpadní vody, fylogeneze i situační reporty k aktivním ohniskům.
- Signály — automatická detekce překročení očekávané hladiny nad 1 200 časovými řadami hlášených onemocnění. Statistický screening, ne potvrzená epidemie.
- Datové sady a analýzy, ze kterých grafy vznikají.
Odkud data pocházejí
Původ dat je u každého dashboardu označený štítkem, protože se u jednotlivých stránek zásadně liší:
| Štítek | Co znamená |
|---|---|
| Veřejný zdroj | Data zveřejněná externí institucí (MZČR, ÚZIS, SZÚ, ECDC, ČSÚ). Portál je shromažďuje a vykresluje; závazný je původní zdroj. |
| Naše data | Vznikla u nás, nebo jsme je dostali ke zpracování. Ručíme za ně. |
| Zpracováno AI | Posbíráno z veřejných zdrojů a sepsáno AI agentem; před zveřejněním prošlo odbornou revizí. |
Kdo portál provozuje
Portál vzniká v rámci projektu ELIXIR IMPACT2, podpořeného z Programu švýcarsko-české spolupráce, a je provozován na infrastruktuře CESNET.
Úplný seznam spolupracujících pracovišť je na stránce Partneři, jmenný seznam na stránce Lidé.
Kontakt
Technický kontakt na správce portálu: Mgr. Jan Pačes, Ph.D. — hpaces@img.cas.cz