Influenza Phylogeny (Nextstrain)
Fylogeneze sezónní chřipky — H3N2, H1N1pdm a typ B. Evoluční vývoj hemaglutininu a predikce pro vakcinaci.
Nextstrain udržuje průběžně aktualizované fylogenetické stromy pro sezónní chřipku — klíčový nástroj pro sledování antigenetického driftu a výběr kmenů pro vakcíny.
Dostupné Nextstrain influenza buildy
| Subtyp | Segment | Okno | Odkaz |
|---|---|---|---|
| H3N2 | HA (hemaglutinin) | 2 roky | nextstrain.org/flu/seasonal/h3n2/ha/2y |
| H3N2 | NA (neuraminidáza) | 2 roky | nextstrain.org/flu/seasonal/h3n2/na/2y |
| H1N1pdm | HA | 2 roky | nextstrain.org/flu/seasonal/h1n1pdm/ha/2y |
| Typ B/Vic | HA | 2 roky | nextstrain.org/flu/seasonal/vic/ha/2y |
Co strom ukazuje
- Antigenní klady — barevně odlišené skupiny s podobným antigenem
- Vakcinační kmeny — označení doporučených WHO kmenů pro sezónu
- Geografické rozložení — odkud sekvence pochází
- Mutace HA — mapování amino-acid substitucí na stromě
Nextstrain Influenza · Bedford Lab · sekvence GISAID EpiFlu
Zdroj dat
Nextstrain Influenza · GISAID EpiFlu
Aktualizace: Týdně (Nextstrain server)
Témata:
chřipkagenomikafylogenezeNextstrain